국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

민원표시 2CA-1409-261161 양도소득세 이의

신 청 인 허 O

피신청인 OO세무서장

주 문 피신청인에게 신청인에 대하여 2012. 8. 24. 행한 양도소득세 169,190,780원의 부과처분을 취소할 것을 의견표명한다.

신청취지 주문과 같다

이 유 별지와 같다.

의 결 일 2015. 6. 29.

(별지)

이 유

1. 신청 원인

신청인은 1983. 9. 2. OO동 201-11 대지 191.7㎡(이하 ‘쟁점토지’라 한다) 및 지상 주택(이하 ‘쟁점주택’이라 한다)을 취득하여 거주하던 중 2004. 4. 6. 쟁점주택을 철거하고 유료주차장을 개업하여 운영하다가 2011. 11. 17. 쟁점토지를 양도한 후 쟁점토지를 사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 신고를 이행하였는데, 피신청인은 신청인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지는 유료주차장으로 사용하였으나 1년 수입금액비율이 토지가액 3% 미만으로 비사업용토지에 해당된다고 판단하고 양도소득세 169,190,780원을 부과(이하 ‘이 처분’이라 한다)하였다. 그러나 쟁점토지는 1983. 9. 2.부터 2004. 4. 6.까지는 쟁점주택의 부속토지였고 2004. 4. 7.부터 2009. 1. 23.까지는「지방세법」(2010. 1. 1. 법률 제9791호로 개정된 것, 이하 같다)상 재산세 별도합산과세대상토지였으므로 총 보유기간 대비 비사업용 토지 해당기간이 10%에 불과하여「소득세법」(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 비사업용토지에 해당되지 않으며 다른 한편으로「소득세법 시행규칙」(2013. 2. 23. 기획재정부령 제323호로 개정괴기 전의 것, 이하 같다) 제83조의5 제9호에 따라 쟁점주택이 멸실․철거되거나 무너진 날부터 2년은 부득이한 사유로 보아 비사업용 토지로 보지 아니하므로 2004. 4. 6.부터 2006. 4. 5.까지(이하 ‘유예기간’이라 한다)를 사업용 기간으로 산정하면 총 소유기간 대비 비사업용기간이 19.9%(이하 ‘쟁점주장’이라 한다)이므로 이 처분을 취소해 달라.

2. 피신청인의 주장

신청인은 이 처분에 대하여 심판청구를 거쳐 최종 대법원에서 패소하였으므로 원칙적으로 신청인의 주장을 받아들일 수 없다.

3. 사실 관계

가. 신청인이 청구하여 2012. 11. 27. 기각 결정된 조세심판원 결정(조심 2012서 4150, 이하 ‘쟁점결정’이라 한다)에 따르면, 이 처분에 대한 청구인 주장란에 “신청인이 쟁점토지를 2004. 4. 6.부터 양도 시까지 사업용 토지(주차장 사용 토지가액에 대한 1년간 수입금액 비율이 3% 이상인 주차장운영업용 토지)로 인정받지 못한 주차장용 토지로 사용하였다 하더라도 쟁점토지가 신청인이 언제라도 주차장업을 폐업하고 주택신축이 가능한 상태로 있었고 나대지 관리를 위한 차원에서 주차장을 운영한 것으로 볼 수 있으며 주차장으로 사용하지 않은 나대지 상태의 토지와의 형평을 고려할 때 쟁점토지가 비사업용 토지에서 제외되는 토지에 해당한다고 보는 것이 과세의 형평성과 당해 법조항의 합목적성에 비추어 합당하다 할 것이다. 신청인은 무주택자이고 쟁점토지가 주택신축이 가능한 토지로써 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지에 해당한 바, 쟁점토지는 사업용 토지로 장기보유특별공제 적용대상이 명확함에도 이를 부인한 것은 부당하다.”라고 기재되어 있다.

나. 신청인이 제기한 이 처분에 대한 행정소송에서 신청인이 패소한 판결(2012구단30410, 2013. 7. 12., 이하 ‘쟁점판결’이라 한다)에 따르면, 2쪽 원고의 주장란에 “신청인이 쟁점토지에서「주차장법」에 따른 노외주차장을 운영하였으나 토지가액에 대한 1년간의 수입금액이「소득세법 시행규칙」제83조의4 제6항에서 정하는 100분의 3에 미치지 못하여「소득세법 시행령」제168조의11 제1항 제2호에 정한 주차장 운영업용 토지에 해당하지 않으므로「소득세법 시행령」제168조의11 제1항 제13호에 정한 주택을 소유하지 아니하는 1세대가 소유하는 1필지의 나지로서 어느 용도로도 사용하지 아니한 토지로 보아야 한다. 그러나 피신청인은 쟁점토지가 주차장 운영업용 토지가 아니라면서도 제13호를 해석할 때는 주차장 용도로 사용하였기 때문에 해당되지 않는다고 해석하는 모순된 전제에서 이 처분을 하였으므로 위법하다. 또한 비사업용 토지에 관하여 장기보유특별공제 배제 등으로 양도소득세를 중과세하는 이유는 토지를 실수요에 따라 생산적으로 사용할 수 있도록 유도하기 위함이고 주택을 소유하지 아니한 1세대가 소유하는 1필지의 나지를 사업용 토지로 보는 이유는 주택의 신축이 가능한 1필지의 나지가 주택의 부속토지가 아니어서 사업용 토지에서 제외되는 것을 구제하기 위함인데, 무주택자가 소유하는 1필지의 나지를 온전히 비생산적으로 방치한 경우나 사업성이 없는 무료 공여주차장을 운영한 경우 관리차원에서 소액만 받고 임대한 경우는 비사업용 토지에서 제외됨에 반하여 토지가액 대비 3% 미만의 수입으로 주차장을 운영한 경우에는 비상업용 토지로 보는 것은 상대적으로 생산적으로 사용한 경우를 비사업용 토지로 판정하는 것이거나 사업성을 인정받지 못한 동일한 주차장 용도를 달리 보는 것이어서 과세불공평을 초래하므로 이 처분은 위법하다.”라고 기재되어 있다.

다. 신청인이 2014. 9. 23. 우리 위원회에 제출한 고충민원 신청서에 따르면, 쟁점결정이나 쟁점판결에서 주장하지 않은 새로운 쟁점주장을 이유로 이 처분의 취소를 구하고 있다.

라. 비사업용 토지 관련 세법 규정에 따르면, 토지를 5년 이상 소유 후 양도하는 경우「소득세법시행령」(2012. 9. 14. 대통령령 제24104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호에 따라 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 토지의 총 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 비사업용 토지에 해당되는 경우 비사업용토지로 규정하고 있다.

마. 신청인이 제출한 허OO 및 이OO의 사실확인서에 따르면, “신청인이 소유했던 쟁점토지 소재 주택을 2004년 4월초에 철거하고 쟁점토지의 조립식 컨테이너 가건물에서 생활하면서 2004. 4. 6.부터 주차장을 운영한 사실을 동네주민으로서 확인합니다.”라고 기재되어 있다.

바. 신청인이 제출한 쟁점주택의 건축물대장에 따르면, 쟁점주택은 1983. 9. 2. 신청인이 취득하여 보유하다 2008. 6. 27. 말소된 것으로 나타난다.

사. 쟁점토지에 대한 OO구청장의 2005년부터 2009년까지 재산세 정기분 과세내역서에 따르면, 쟁점토지는 2005년부터 2008년까지는 별도합산과세대상으로 재산세가 부과되었다가 2009년도에는 종합합산과세대상으로 재산세가 부과된 것으로 나타난다.

아. 신청인은 쟁점토지는 1983. 9. 2.부터 2004. 4. 6.까지는 쟁점주택의 부수토지였고 2004. 4. 7.부터 2009. 1. 23.까지는「지방세법」상 재산세 별도합산과세대상토지였으므로「소득세법」상 비사업용토지에 해당되지 않을 뿐더러「소득세법 시행규칙」제83조의5 제9호에 따라 쟁점주택이 멸실․철거되거나 무너진 날부터 2년은 부득이한 사유로 보아 비사업용 토지로 보지 아니하므로 유예기간을 사업용으로 보아 이 처분을 취소해야 한다고 진술하고 있다.

자. 신청인과 피신청인이 제출한 자료에 따르면, 쟁점토지의 취득에서 양도에 이르기까지의 상기 사실 관계 내용을 정리하면 다음과 같다.

- 총 소유기간 : 1983. 9. 2. 〜 2011. 11. 17.(총 10,303일)

- 주택부수토지 기간 : 1983. 9. 2. 〜 2004. 4. 6.(7,522일)

- 주차장 사업자 등록일 : 2004. 4. 6.(사실상 건물 멸실일)

- 건축물대장 상 건물 멸실일 : 2008. 6. 27.

4. 판단

가. 관계 법령 등

1)「소득세법」제104조의3 제1항은 “제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지“라고 규정하고 있고,「소득세법 시행령」제168조의6은 ”법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.“라고 규정하고 있으며,「소득세법 시행규칙」제83조의5 제1항은 ”영 제168조의14제1항제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다. 9. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년“이라고 규정하고 있다.

2)「지방세법」제182조 제1항 제2호는 ”토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.  2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.“라고 규정하고 있고,「지방세법 시행령」제131조의2 제1항은 ”법 제182조제1항제2호 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물의 부속토지"라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다.“라고 규정하고 있으며, 같은 시행령 제131조 제1항은 ”제131조의2제1항의 규정에 의한 건축물의 범위에는 행정안전부령이 정하는 지상정착물, 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 건축물 및 건축중인 건축물을 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 건축물을 제외한다.“라고 규정하고 있다.

나. 판단 내용

살피건대, 신청인이 쟁점토지를 5년 이상 소유 후 양도하였으므로「소득세법 시행령」제168조의6 제1호에 따라 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 및 토지의 총 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간 비사업용 토지에 해당되는 경우에만 비사업용토지에 해당되는 점,「지방세법 시행령」제131조 제1항은 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 건축물의 부속토지인 경우 별도합산과세대상으로 규정하고 있는데 쟁점주택은 2008. 6. 27. 멸실등기가 되어있는 점, 법제처에서 2008. 7. 17. 08-141호로 회신한 건축물이 멸실된 경우의 재산세 별도합산과세 대상인 토지 여부에 대한 회신에서도「지방세법 시행령」제131조 제1항의 ‘과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 건축물’은 과세기준일 현재 형식상 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 건축물을 의미한다라고 하고 있는 점, 쟁점토지의 총 보유기간이 1983. 9. 2.부터 2011. 11. 17.까지 총 10,303일(이하 ‘총 소유기간’이라 한다)인데 쟁점주택의 부속토지 기간이 1983. 9. 2.부터 2004. 4. 6.까지 7,522일(이하 ‘부속토지기간’이라 한다)이고 별도합산과세대상토지인 기간이 2004. 4. 7.부터 2008. 12. 26.까지 1,726일(이하 ‘별도합산기간’이라 한다)로 총보유기간대비 비사업용토지 해당기간이 10%인 점, 쟁점토지 관할 OO구청장도 별도합산기간 동안 쟁점토지에 대한 재산세를 별도합산과세대상으로 하여 과세하였던 점, 국세청 스스로도 종합부동산세 집행기준 22-18-1에서 재산세 과세대상 구분(별도합산, 종합합산 등)이 사실과 다른 경우에는 과세대상 구분을 임의로 판단하는 것이 아니라 과세물건 소재 지방자치단체장에게 과세연도별 과세대상의 구분에 대한 실제 현황, 재산세 부과 현황 등을 의견조회한 후 그 회신결과에 따라 결정하도록 하고 있는 점, 설령 피신청인 주장대로 2010. 5. 31. 개정된「지방세법 시행령」을 적용한다면「국세기본법」상 소급과세금지 원칙에 위배될 뿐만 아니라「소득세법 시행규칙」제83조의5 제9호에 따라 쟁점주택이 멸실․철거되거나 무너진 날부터 2년은 부득이한 사유로 보아 비사업용 토지로 보지 아니하므로 2004. 4. 6.부터 2006. 4. 5.까지를 사업용기간으로 산정하면 총 소유기간 대비 비사업용기간이 19.9%인 점, 「납세자보호사무처리규정」제25조에 따라 세법에 명백히 위배된 처분이나 훈령·예규 등에 위배된 처분, 과세표준․세액 등이 착오로 계산된 경우에 대하여는 세무서장 또는 지방국세청장이 예규 등에 따라 상당한 기간 동안 직권시정을 해 오고 있고 이러한 과세관청의 예규 및 직권시정 행위가 관행으로 정착되어 납세의무자에 대하여 신뢰가 형성되었다고 볼 수 있는 점, 경정청구기간이 경과된 경우에도 관할세무서장은 과세표준과 세액의 신고내용에 명백한 오류로 과다 신고납부한 사실이 확인되면 국세부과제척기간 내에 경정할 수 있도록 예규(국세청 2009. 9. 29. 징세과-110, 국세청 1999. 3. 31 법인46012-1195, 재무부 1993. 4. 23. 세조46068-45 외 다수)를 실무상 적용하고 있는 점 등을 종합하면, 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 행한 이 처분의 취소를 구하는 신청인의 주장을 대법원에서 패소하여 권리관계가 확정되었다는 이유만으로 거부하는 것은 가혹한 처분이라 할 것이므로 신청인의 주장을 받아들이는 것이 바람직하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 쟁점토지를 사업용으로 하여 양도소득세를 경정해 달라는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제2항에 따라 피신청인에게 의견을 표명하기로 하여 주문과 같이 의결한다.

관계법령

■ 소득세법

제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제96조제2항제8호 및 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

가. 「지방세법」 또는 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지

나. 「지방세법」 제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지

다. 토지의 이용 상황, 관계 법률의 의무 이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것

■ 소득세법시행규칙

제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제168조의14제1항제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지 아니한다.

9. 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년

■ 지방세법

 제182조 (과세대상의 구분) ① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.  

2. 별도합산과세대상 : 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.]

■ 지방세법 시행령

제131조(건축물의 범위 등) ① 제131조의2제1항의 규정에 의한 건축물의 범위에는 행정안전부령이 정하는 지상정착물, 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 건축물 및 건축중인 건축물을 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 건축물을 제외한다.

제131조의2(별도합산과세대상토지의 범위) ① 법 제182조제1항제2호 본문에서 "대통령령이 정하는 건축물의 부속토지"라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 「건축법」 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용중인 건축물의 부속토지를 제외한다.