5. 부가가치세(가산세) 취소

신청인이 이 민원 실시협약에 따라 지급받은 돈은 그 실질에 맞게 용역대금의 장기분할금이라고 보는 것이 실질과세원칙에 부합하므로, 신청인이 부동산임대업자임을 전제로 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았음을 이유로 한 이 민원 처분은 위법하다.

결정 개요

1. 민원번호 2AA-1604-010474 (심의일：2016. 6. 13.)

2. 피신청인 ○○세무서장

3. 쟁점사항

부동산임대공급가액명세서 미제출 가산세 적용 여부

4. 처리결과 시정권고

피신청인이 2014. 8. 7. 신청인에게 행한 2011년 1기 ～ 2013년 1기 부가가치세 부과처분(2011년 2기 ～ 2012년 2기 운영비 관련 가산세 제외)을 취소할 것을 시정권고한다.

5. 참조법령

「부가가치세법」제20조의2(현금매출명세서 등의 제출), 「부가가치세법」제22조(가산세), 민간투자법 제4조(민간투자사업의 추진방식) 및 「국세기본법」제14조(실질과세)

이  유

1. 신청 원인

가. 신청인은 2006. 4. 〇〇광역시〇〇교육청(이하 ‘주무관청’이라 한다)과 「사회기반시설에 대한 민간투자법」(이하 ‘민간투자법’이라 한다) 제4조 제2호에서 정한 방식(BTL : Build-Transfer-Lease)으로 ‘〇〇초교 및 〇〇중학교 신축 BTL 실시협약’을 체결하고, 〇〇초교 및 〇〇중학교(이하 ‘사회기반시설’이라 한다)를 신축완료 후 주무관청에 기부채납하고 주무관청으로부터 동 사회기반시설에 대한 20년간의 시설관리운영권을 부여받아 해당 주무관청에 동 시설을 임대하여 시설임대료와 운영비를 수취한 후 부가가치세 과세표준을 신고하면서 업종을 건설업으로 하고 부동산임대공급가액 명세서를 제출하지 아니하였다.

나. 피신청인은 2014. 8. 7. 신청인이 부동산임대업자로서 주무관청에 사회기반시설의 임대용역을 제공하고도 부가가치세 신고 시 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하였다는 이유로 신청인에게 「부가가치세법」제22조 제7항에 따라 부동산임대공급가액명세서 미제출 가산세 43,658,340원을 경정․고지하였다.

다. BTL사업은 실질적으로 건설용역의 공급이라는 하나의 거래만 있는 것이고, 신청인이 주무관청으로부터 임대료와 운영비 명목으로 수취한 정부지급금의 경제적 실질은 기부채납한 사회기반시설을 건설하면서 투입한 투자비를 해당 사회기반시설의 관리운영권을 부여받아 20년간 관리운영하면서 회수하는 것으로서 장기할부매출의 채권회수와 동일(기업회계기준서에서는 BTL사업시행자가 시설관리운영을 하면서 회수한 임대료는 공사대금의 회수로 회계처리하도록 적시하고 있고, 실시협약에서는 사회기반시설의 건설에 소요된 투자비를 20년간 원리금균등분할 상환할 경우의 매분기 상환금액으로 정부지급금을 산정하도록 정하고 있음)하므로 거래의 형식이나 명칭에 관계없이 그 실질내용에 따라 신청인에게 부동산임대공급가액명세 미제출 가산세를 부과하지 아니함이 타당하므로 본 건 부가가치세를 취소하여 달라.

2. 피신청인의 주장

가. 신청인과 주무관청이 체결한 BTL협약에 따라 신청인은 사회기반시설을 건설하여 주무관청에 기부채납하고 동 사회기반시설에 대한 관리운영권을 얻은 후, 사회기반시설을 주무관청에 사용하게 하고 그 대가로 임대료를 받으면서 사회기반시설의 유지의무를 지고 있는바, 이는 부동산임대업자로서 사회기반시설의 임대용역을 제공하고 임대료를 수취한 것으로 볼 수 있으므로 「부가가치세법」제20조의2 제2항에 따라 부동산임대공급가액명세서를 제출하여야 한다.

나. 부동산임대공급가액명세서 미제출 가산세가 부동산임대업자의 과세표준 양성화를 위해 도입된 제도라 하여 신청인을 다른 부동산임대업자와 달리 취급할 근거가 없다.

3. 사실 관계

가. 주무관청과 신청인 사이에 2007. 4. 10. 체결된 ‘〇〇초교 및 〇〇중학교 신축 BTL 민간투자사업 실시협약(재협약)’에 의하면 아래와 같다.

제2조(사업의 추진방식)

② 본 사업시설의 건설을 위해 사업시행자가 투자한 자금은 본 협약에서 정한 바에 따라 산정․지급되는 임대료로 회수되며, 시설의 운영에 소요되는 비용은 본 협약에서 정한 바에 따라 산정되는 운영비로 충당된다.

제3조(용어의 정의)

- ‘BTL 민간투자사업(또는 BTL방식)’이라 함은 사회기반시설의 건설 및 운영을 위한 민간투자사업의 한 방식으로서 민간사업자가 자금을 투자하여 사회기반시설을 건설(Build)한 후 준공과 동시에 국가나 지자체로 소유권을 이전(Transfer)하고 국가나 지자체는 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 사업시행자는 그 시설을 국가 또는 지자체 등에게 임대(Lease)하여 협약에서 정한 기간동안 임대료(리스료)를 지급받아 투자금을 회수하고, 시설관리운영에 소요되는 비용을 운영비로 지급받아 충당하는 사업(또는 방식)을 말한다.

- ‘운영비’라 함은 관리운영권 설정기간 동안 본 협약에 따라 사업시행자가 주무관청으로부터 지급받는 본 사업시설의 유지관리 및 운영의 대가로서 인건비, 유지관리비, 운영설비대체비, 부대비 및 제경비를 말한다.

- ‘임대료’라 함은 관리운영권 설정기간 동안 본 협약에 따라 사업시행자가 주무관청으로부터 총민간투자비에 본 사업수익률을 적용하여 원리금균등분할방식으로 지급받는 본 사업시설의 시행을 위한 투자대가를 말한다.

- ‘정부지급금’이라 함은 주무관청이 사업시행자에게 지급하는 임대료와 운영비를 합한 금액을 말한다.

제7조(사업시행자의 자격 및 관리)

① 주무관청은 본 협약 제6조(사업시행자의 지정)에 의하여 지정된 사업시행자에게 다음 각 호의 행위를 할 수 있는 자격 및 권한과 권리를 설정, 부여한다.

3. 본 협약 및 관리운영권에 따른 본 사업시설의 무상사용․수익 다만, 본 시설의 수익실현은 본 협약에서 달리 정하는 경우를 제외하고는 주무관청에게 임대하는 방식으로만 가능하다.

제9조(소유권의 귀속)

① 본 사업시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에 귀속된다.

제10조(관리운영권 설정기간)

① 본 협약에서 정한 본 사업시설의 관리운영권 설정기간은 20년으로 한다.

제40조(관리운영권의 행사)

① 사업시행자는 본 협약에서 정한 관리운영권을 근거로 하여 본 사업시설을 주무관청에게 임대함과 동시에 본 사업시설을 본 협약에 따라 적절하게 유지관리 및 운영을 하여야 한다.

② 본 협약에서 정한 바에 따라 사업시행자는 주무관청으로부터 본 사업시설의 임대료 및 운영비를 지급받기로 한다.

③ 사업시행자는 부속시설을 자신의 비용과 책임하에 유지관리 및 운영하여야 한다.

제41조(본 사업시설의 임대차계약)

① 본 사업시설의 임대차계약은 본 협약에서 정한 바에 따라 관리운영권 설정기간을 임대차 존속기간으로 하여 사업시행자가 주무관청에게 본 사업시설을 사용하게 하고 주무관청이 이에 대하여 임대료를 지급하는 것을 내용으로 한다.

② 본 협약이 체결됨으로써 제1항의 임대차계약이 동시에 체결된 것으로 간주하여 임대차를 위한 별도 방식의 계약을 필요로 하지 않으며, 관리운영권 설정기간동안 임대차계약의 효력이 발생한다. 이 경우 관리운영권 설정기간의 개시일을 임대차 존속기간의 개시일로 하기로 한다.

제59조(임대료의 산정)

① 본 협약에서 달리 정하는 경우를 제외하고 본 사업시설의 임대개시 후 최초 5년 동안(이하 ‘최초 임대료 적용기간’이라 한다) 매 분기별로 주무관청이 사업시행자에게 지급하는 임대료는 제57조 제2항에 따라 산정되는 사업수익률을 반영하여 산정한다. 사업시행자는 본 사업시설에 대한 관리운영권 등록 후 임대가 개시되는 날에 최초 임대료 적용기간에 지급될 임대료를 산정하여 그 산정근거와 함께 주무관청에 제출하여 그 확인을 받는다.

④ 본 사업의 임대료 지급기간(본 사업시설 임대차 존속기간)은 20년으로 한다.

제60조(임대료의 조정)

① 임대료는 본 사업시설의 임대개시 후 매 5년이 경과할 때마다 1회에 한하여 제57조(사업수익률의 산정)에 따라 조정되는 수익률에 연동하여 조정하기로 한다.

나. 피신청인은 2014. 8. 7. 신청인에게 구 「부가가치세법」제20조의2에 따른 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았다는 이유로 아래와 같이 부동산임대공급가액명세서 미제출 가산세를 부과하였다.

(단위 : 원)

세 목	과세기간	과세표준	고지세액
부가 가치세	2010년 2기	736,088,800	7,360,888
	2011년 1기	750,392,100	7,503,921
	2011년 2기	750,288,000	7,502,880
	2012년 1기	752,215,000	7,522,150
	2012년 2기	705,916,363	7,0159,163
	2013년 1기	670,934,300	6,709,343
합계		13,187,074,100	43,658,345

다. 신청인은 2014. 10. 30 피신청인에게 이의신청을 제기하였고, 피신청인은 2014. 11. 27. 이의신청에 대한 기각결정을 하였으며, 그 판단내용은 아래와 같다.

① 사업자가 민간투자법 제4조 제2호에서 정한 방식(임대형민간투자방식)으로 사회기반시설투자를 하기로 한 후, 사회기반시설을 건설하여 주무관청에 기부채납하고 해당 주무관청으로부터 설정받은 동 시설에 대한 관리운영권을 토대로 해당 주무관청에 동 시설을 다시 임대하여 임대료 등을 받는 경우, 사업시행자는 사업의 수익을 실현하기 위하여 해당 시설을 주무관청으로 하여금 사용하게 하고 해당 시설의 적절한 유지․관리에 관하여 책임을 지며 그 대가로 임차료 등의 사용료를 징수하는 것이고(제25조 제4항, 제26조 제3항), ② 신청인의 경우 신청인과 주무관청 사이에 체결한 실시협약에서 사업시행자의 수익실현은 주무관청에 임대하는 방식으로만 하도록 한정하며(실시협약 제7조), 실시협약이 체결됨으로 인하여 임대차계약도 체결된 것으로 간주된다고 정한 점(실시협약 제41조 제2항) 등에 비추어 볼 때 신청인은 사업시설을 유지관리하면서 주무관청으로 하여금 이를 사용하게 하고 그 대가로 수취한 정부지급금(임대료와 운영비)이 신청인의 주된 수익을 이루는 부동산임대업자로서 그 수입금액에 대하여 부동산임대공급가액명세서를 제출할 의무가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2012서532, 2012. 3. 21. 참조)

설사, 부동산임대사업자에게 부동산임대공급가액명세서 제출의무를 지우고 이를 불이행하는 경우 가산세를 부과하려는 취지가 부동산임대공급가액명세서의 제출을 의무화하고 허위기재를 방지하여 임대료 수입금액 등 부동산임대업자의 과세표준 양성화를 위한 것이라 하더라도, 임대형민자사업의 사업시행자가 사회기반시설을 타인에게 임대하는 경우를 다른 부동산임대업자와 달리 취급하여 부동산임대공급가액명세서 미제출 가산세를 부과하지 아니할 근거는 없다 할 것이다.

따라서, 부동산임대용역을 공급하고도 부가가치세 신고 시 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니한 신청인에게 피신청인이 가산세를 부과한 이 건 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 신청인은 2015. 10. 13. 피신청인에게 경정청구를 제기하였고, 피신청인은 경정청구기간 내의 운영비에 대한 가산세를 환급하였다.

(단위 : 천원)

기 분	과세표준	임대료	운영비	비고
2010년 2기	736,088	594,916	141,172
2011년 1기	750,392	594,916	155,476
2011년 2기	750,288	594,916	155,372	1,553 환급
2012년 1기	752,215	594,916	157,299	1,572 환급
2012년 2기	705,916	548,233	157,683	1,576 환급
2013년 1기	670,934	670,934	-
계	4,365,834	3,598,831	767,002
가산세	43,658	35,988	7,670

4. 판단

가. 관계 법령 등

1) 구「부가가치세법」(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조의2(현금매출명세서 등의 제출) 제2항은 “부동산임대업자는 부동산임대공급가액명세서를 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다.”라고, 제3항은 “현금매출명세서 및 부동산임대공급가액명세서의 작성·제출 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다.

2) 구「부가가치세법」제22조(가산세) 제7항은 “사업자가 제20조의2제1항에 따른 현금매출명세서 또는 제20조의2제2항에 따른 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 수입금액(현금매출명세서의 경우에는 현금매출을 말한다. 이하 이 항에서 같다)이 사실과 다르게 적혀 있는 경우에는 제출하지 아니한 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 대하여 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.”라고 규정하고 있다.

3) 구「민간투자법」(2013. 5. 28. 법률 제11822호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조(정의)는 “이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. ‘사회기반시설’이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 해당 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다. 4. ‘주무관청’이란 관계 법령에 따라 해당 사회기반시설사업의 업무를 관장하는 행정기관의 장을 말한다. 5. ‘민간투자사업’이란 제9조에 따라 민간부문이 제안하는 사업 또는 제10조에 따른 민간투자시설사업기본계획에 따라 제7호에 따른 사업시행자가 시행하는 사회기반시설사업을 말한다. 다만, 「국가재정법」 제23조에 따른 계속비에 의한 정부발주사업 중 초과시공(국가와 계약상대자가 미리 협의한 한도액 범위에서 해당 연도 사업비를 초과하여 시공하는 것을 말한다. 이하 같다)되는 부분은 민간투자사업으로 본다. 6. ‘실시협약’이란 이 법에 따라 주무관청과 민간투자사업을 시행하려는 자 간에 사업시행의 조건 등에 관하여 체결하는 계약을 말한다. 7. ‘사업시행자’란 공공부문 외의 자로서 이 법에 따라 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.”라고 규정하고 있다.

4) 구「민간투자법」 제4조(민간투자사업의 추진방식)는 “민간투자사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. 2. 사회기반시설의 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간 동안 임차하여 사용·수익하는 방식”이라고 규정하고 있다.

5) 구「민간투자법」 제25조(시설사용 내용) 제1항은 “사업시행자는 제4조제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 추진되는 사회기반시설을 실시협약에 명시된 공개경쟁과정을 거쳐 결정된 총민간사업비의 범위에서 해당 시설의 준공 후 일정기간 무상으로 사용·수익할 수 있다.”라고, 제4항은 “사업시행자는 제1항 및 제2항에 따른 수익을 실현하기 위하여 해당 시설을 타인으로 하여금 사용하게 할 수 있으며, 타인에게 사용하게 하였을 때에는 통행료, 임차료 등의 사용료를 징수할 수 있다. 이 경우 사용료 및 사용료 징수기간과 그 밖에 사용료에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다.

6) 구「민간투자법」 제26조(사회기반시설의 관리운영권) 제1항은 “주무관청은 제4조제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조에 따라 준공확인을 받은 경우에는 제25조제1항에 따라 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권(이하 ‘관리운영권’이라 한다)을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다.”라고, 제3항은 “제1항 및 제2항에 따라 관리운영권을 등록한 사업시행자는 해당 시설의 적절한 유지·관리에 관하여 책임을 진다.”라고 규정하고 있다.

7) 「국세기본법」제14조(실질과세) 제2항은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”라고 규정하고 있다.

8) 회계처리지침

가) 질의

BTL방식에 있어 사업시행자가 SPC(민간사업자)인 경우와 시공사인 경우 각각 수익의 인식과 시설관리운영권의 임대 및 임대료 수취에 관하여 어떠한 회계처리가 이루어져야 합니까?

나) 회신

BTL사업방식에 있어서 사업시행자와 시공사가 일치하는 경우에는 기업회계기준서 제12호 ‘건설형 공사계약’에 따라 회계처리하며, 사업시행자가 SPC인 경우에는 기업회계기준서 제12호 A29와 회계기준적용 의견서 O 3-2를 적용하여 개별 SPC별로 SPC가 수행하는 역할에 따라 수익의 인식 여부와 수익인식의 방법(총액, 순액)을 결정합니다.

BTL사업에서의 시설관리운영권의 임대와 임대료의 회수는 그 실질에 근거하여 공사대금의 회수로 회계처리 합니다.

9) 인천지방법원은 “원고들이 이 사건 실시협약에 따라 지급받은 돈은 그 실질에 맞게 용역대금의 장기분할금이라고 보는 것이 실질과세원칙에 부합하므로, 원고들이 부동산임대업자임을 전제로 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았음을 이유로 한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.”라고 판시(인천지방법원 2015. 8. 27. 선고 2015구합50867 판결, 서울고등법원 2015. 12. 24. 조정권고 2015누58203)하였다.

나. 판단 내용

1) 살피건대, 이 민원 실시협약은 신청인이 자신의 비용으로 이 민원 시설을 건축하여 주무관청에 귀속시키되, 신청인이 이 민원 시설의 건설을 위해 투자한 자금은 이 민원 실시협약에 따라 산정된 임대료와 부속시설의 운영수익으로 회수하는 것을 기본적인 구조로 하고 있고, 신청인과 주무관청 사이에 이 민원 실시협약 외에 별도의 임대차계약은 체결된 바가 없으며, 이 민원 시설에 대한 임대료는 일반적인 임대차계약과는 달리 신청인이 투자한 총민간투자비에 이 민원 실시협약에서 정한 사업수익률을 반영하는 방식으로 일괄적으로 산정되어 신청인에 대한 관리운영권 설정기간인 20년 동안 신청인이 투자한 총민간투자비를 원리금균등상환 방식으로 지급하도록 약정되었으므로, 이 민원 실시협약 및 민간투자법에서 임대차, 임대료 등의 용어를 사용하고 있지만, 신청인이 주무관청으로부터 임대료 명목으로 지급받은 돈은 실질적으로 이 민원 시설에 대한 도급 용역대금의 장기분할금이라고 봄이 타당하다.

2) 나아가 민간투자법은 국가 또는 지방자치단체가 사회기반시설의 소유권을 보유하는 방식의 민간투자사업 추진방식에 관하여 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식만을 정하고 있다가, 2005. 1. 27. 법률 제7386호로 개정되면서 사업시행자에게 시설관리운영권을 인정하는 한편 국가 또는 지방자치단체에게 사회기반시설을 임대하여 사용․수익하는 방식의 민간투자법 제4조 제2호가 신설되었는데, 위 조항은 사업시행자가 직접 시설을 운영하기 곤란하거나 운영수입만으로는 투자비의 회수가 어려운 시설 등에 대하여 사업시행자의 투자비를 국가 또는 지방자치단체가 보전해 주어 민간의 투자를 활성화시키되, 국가 또는 지방자치단체 입장에서는 위 투자비를 장기간에 걸쳐 임대료의 형식으로 지급함으로써 국가 또는 지방자치단체의 재정 부담을 분산시키려는 데 그 입법취지가 있다고 보이므로, 이와 같은 사실을 보더라도 신청인이 지급받은 임대료 형식의 돈은 실질적으로 민간투자사업의 사업시행자로서 투자한 도급용역에 대한 대금을 분할지급 받은 것이라고 봄이 타당하다.

3) 따라서 신청인이 이 민원 실시협약에 따라 지급받은 돈은 그 실질에 맞게 용역대금의 장기분할금이라고 보는 것이 실질과세원칙에 부합하므로, 신청인이 부동산임대업자임을 전제로 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았음을 이유로 한 이 민원 처분은 위법하다.

5. 결론

그러므로 부가가치세(가산세) 부과취소를 구하는 신청인의 주장이 상당한 이유가 있으므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.