2. 법인세 등 경정

법인 예금계좌로 입금된 후 직원에게 지급된 수당(63,615,567원)을 매출누락한 것으로 보아 피신청인 등이 2008년 귀속 법인세 12,124,998원 및 대표자에 대한 종합소득세 18,506,100원을 부과하였는데, 법인세 경정 과정에서 공무원의 과실ㆍ착오로 세무상 이월결손금 47,278,198원을 공제하지 않아 법인세가 과다 부과되었을 뿐만 아니라 수당을 지급받은 직원들의 인적사항이 확인되고 신청인이 종합소득세를 무신고함에 따라 7년의 부과제척기간이 적용되므로 피신청인이 사실관계를 확인한 후 법인세 및 종합소득세를 경정하는 것이 타당함

결정 개요

1. 민원번호  2AA-1511-104542 (심의일：2016. 2. 1.)

2. 피신청인  ○○ 세무서장

3. 쟁점사항

공무원의 과실․착오에 따라 과다 부과된 법인세의 경정 가능 여부와 법인세의 부과제척기간 경과에 불구하고 상여 처분에 따라 부과된 종합소득세 경정이 가능한지 여부

4. 처리결과 시정권고

피신청인에게 신청인이 대표이사로 재직한 ○○○○(주)의 이월결손금 47,278,198원을 반영하여 2008 사업연도 법인세를 경정할 것과 ○○○○(주)의 매출누락액 63,615,567원의 귀속자를 확인한 후 그 결과에 따라 신청인에게 행한 상여 처분을 취소할 것을 시정권고한다.

5. 참조법령

「국세기본법」 제26조의2, 「법인세법」(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제13조, 「법인세법 시행령」(2009. 2. 4. 대통령령 제21032호로 개정되기 전의 것) 제106조

이  유

1. 신청 원인

신청인은 보험서비스업을 영위한 ○○○○(주)(이하 ‘이 민원 법인’이라 한다)의 대표이사로 재직하였는데 이 민원 법인은 2008 사업연도 이후 사실상 폐업된 상태이다. ○○화재(주)는 이 민원 법인 소속 직원들이 기존에 체결하였던 보험계약에 대한 수당 63,615,567원(이하 ‘쟁점 금액’이라 한다)을 이 민원 법인의 예금계좌에 입금하였고, 이 민원 법인은 쟁점 금액을 직원들의 예금계좌에 입금하였는데 결산 과정에서 이러한 사실 관계가 반영되지 못하였다. 한편, 피신청인은 쟁점 금액을 이 민원 법인이 매출누락한 것으로 보아 2008 사업연도 법인세 12,124,998원을 부과한 후 쟁점 금액을 대표자 상여 처분하였다. 그러나 쟁점 금액은 직원들에게 수당으로 지급되었으며 귀속자가 확인되므로 법인세를 경정함과 동시에 상여 처분도 취소하여 달라.

2. 피신청인의 주장

결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대해서 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일 이내 경정을 청구할 수 있었음에도 경정을 청구하지 않았으며, 이 민원 법인세의 부과제척기간이 2014. 3. 31.로 만료되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정도 할 수 없으므로 신청인의 주장을 수용할 수 없다.

3. 사실 관계

가. 피신청인이 제출한 자료(사업자기본사항조회)에 따르면, 이 민원 법인은 2002. 10. 23. 개업한 후 2009. 9. 1. 직권폐업된 것으로 확인된다.

나. 피신청인이 제출한 이 민원 법인의 ‘법인세 과세표준 및 세액 결정(경정)결의서’에 따르면, 피신청인은 이 민원 법인의 2008 사업연도 귀속 법인세를 경정하였는데, 경정사유란에는 “계산서불부합, 세금계산서불부합자료 2008 사업연도 계산서불일치 과세자료 결정결의”라고, 고지일란에는 “2014. 3. 11.”이라고 기재되어 있다.

다. 피신청인이 제출한 ‘법인세 과세표준 및 세액(결정/경정) 계산서(1)’ 및 ‘자본금과 적립금 조정명세서(갑)’에 기재된 주요 내용은 【표 1】 및 【표 2】와 같다.

【표 1】

구 분		당 초	경 정
101. 결산서상 당기순이익		64,609,351	64,609,351
소득조정금액	102. 익금산입	55,840	63,671,407
	103. 손금산입	0	0
104. 차가감소득금액		64,665,191	128,280,758
105. 기부금 한도 초과액		0	0
106. 기부금 한도 초과 이월액 손금산입		0	0
107. 각사업연도소득금액		64,665,191	128,280,758
108. 이월결손금		64,665,191	64,665,191
111. 과세표준		0	63,615,567

【표 2】

사업연도	이월결손금 발생액	당기공제액	잔액(기한내)
2003	30,910,460	30,910,460	0
2004	17,452,130	17,452,130	0
2005	28,477,936	16,302,601	12,175,335
2006	11,187,524	0	11,187,524
2007	23,915,339	0	23,915,339
합 계	111,943,389	64,665,191	47,278,198

라. 이 민원 법인의 예금계좌(○○은행, 140-006-732308)에 기재된 거래내역(유동성 거래내역조회) 및 ‘지급내역 요약서’에는 이 민원 법인의 예금계좌에서 ○민호 외 39명에게 송금된 내역이 확인되는데, 신청인은 ○민호 외 39명이 이 민원 법인의 직원이었으며 지급된 금액은 보험 모집에 따른 수당이라고 진술하였다.

마. 피신청인이 제출한 ‘소득금액변동통지서’ 및 ○○세무서장이 제출한 종합소득세 결정결의서 등의 자료에 따르면, 피신청인이 쟁점 금액을 대표자 상여 처분하였으며 ○○세무서장은 피신청인이 통보한 과세자료를 근거로 2015. 1. 9. 신청인에게 종합소득세 18,506,100원을 부과한 것으로 확인된다.

4. 판단

가. 관련 법령 등

1) 「국세기본법」(2009. 1. 30. 법률 제9346호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 “국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간. 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간”이라고 규정하고 있다.

2) 「법인세법」(2009. 1. 30. 법률 제9346호로 개정되기 전의 것) 제66조 제2항은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. 1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때”라고, 제3항은 “납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. (단서 생략)”라고, 같은 법 제67조는 “제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.”라고 규정하고 있다.

3) 「법인세법」(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제13조는 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일전 5년이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액”이라고 규정하고 있다.

4) 「법인세법 시행령」(2009. 2. 4. 대통령령 제21032호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항은 “법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다. 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다. 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여”라고 규정하고 있다.

나. 판단 내용

1) 우선 이 민원 법인의 2008 사업연도 법인세를 경정하여 달라는 신청에 대해 살펴보면, 피신청인의 확인(조사)이 필요할 것으로 보이긴 하나 신청인의 주장과 같이 쟁점 금액이 이 민원 법인의 직원이었던 자들에게 수당으로 지급된 경우 전액 손금 산입되어 과세표준과 세액에 변동이 없었을 것으로 보이는 점, 설령 쟁점 금액을 손금으로 볼 수 없다 할지라도 이 민원 법인의 2008 사업연도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금 47,278,198원이 확인되는바, 피신청인 소속 세무공무원이 법인세 경정 과정에서 해당 결손금을 공제하였더라면 과세표준이 해당 결손금만큼 감액되었을 것으로 보이는 점, 세무공무원이 공제 가능한 결손금이 있음을 알면서도 법인세 경정 과정에서 이를 반영하지 아니하였다면 그로 인해 이 민원 법인 또는 신청인에게 조세 부담이 늘어나는 결과가 발생될 수 있음을 인식하고서도 고의적으로 이를 누락하였다고 할 것이고 세무상 공제가 가능한 결손금이 추가적으로 존재하지 않는 것으로 알고 법인세를 경정하였다면 업무상 주의의무를 현저하게 해태한 중대한 과실이 있었다고 볼 수 있는 점, 업무집행과정에서 발생한 세무공무원의 위법행위에 대해 신청인이 민사소송을 통해 침해된 권익을 구제받을 수 있으나 이는 비경제적일 뿐만 아니라 이 민원 법인 또는 신청인에게 매우 가혹한 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 피신청인은 이 민원 법인의 결손금을 반영하여 2008 사업연도 법인세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

2) 다음으로 대표자 상여 처분을 취소하여 달라는 신청에 대해 살펴보면, 비록 이 민원 법인의 2008 사업연도 법인세의 부과제척기간이 경과한 사실이 인정되긴 하나, 신청인이 2008년 귀속 종합소득세를 신고하지 아니함에 따라 종합소득세에 대한 부과제척기간(7년)은 경과하지 아니하였으며 그 결과 신청인 입장에서는 쟁점 금액의 귀속자를 확인함에 따른 실익이 존재하는 점, 세법은 법인세 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우 법인세 과세표준과 세액을 경정하여야 하고 이 경우 장부 또는 기타 증빙서류를 근거로 해야 한다고 규정하고 있는 점, 신청인이 쟁점 금액의 귀속자라고 주장하는 자의 성명과 이들에게 지급된 금액을 구체적으로 제시하고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 피신청인은 쟁점 금액의 귀속자를 확인한 후 그 결과에 따라 소득처분을 하는 것이 ‘근거과세 원칙’에 보다 부합된다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 이 민원 법인의 2008 사업연도 법인세 경정 및 대표자 상여 처분의 취소를 구하는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.