10. 법인세 등 환급요청

피신청인이 농업외 소득에 대한 조합원 감면 중 농산물유통에 대하여 조합원으로부터 구매하여 판매한 소득에 대해서는 감면하고, 산지에서 비조합원으로부터 구매하여 판매한 소득에 대해서는 조합원 감면대상 소득에 해당되지 않는다는 이유로 감면소득을 재계산하여 신청인에게 법인세 281,758,560원을 부과하고 조합원에 대한 배당에 대하여는 비조합원으로부터 구매한 소득에 해당하는 금액에 대하여 조합원 감면을 배제하고 배당소득세 15,955,500원을 결정․고지함은 부당하다.

결정개요

1. 민원번호  2AA-1502-055304 (의결일：2015. 04. 13)

2. 피신청인  〇〇세무서장

3. 쟁점사항

피신청인이 세무조사결과 부과․징수한 법인세 중 매출누락  에 따른 법인세를 제외한 276,498,743원 및 조합원 배당소  득에 대하여 감면을 배제하고 고지한 배당소득세            5,955,500원은 법 해석의 오류에 의한 과세에 해당하므로  법인세 등 환급요구.

4. 주    문

피신청인에게 2014. 2. 3. 신청인에 대하여 행한 2009사업연도 ～ 2012사업연도 법인세(매출누락 제외) 및 배당소득세 부과처분을 취소할 것을 의견표명한다.

5. 신청취지 주문과 같다.

6. 참조법령 조세특례제한법

이  유

1. 신청 원인

가.  피신청인이 2013. 12. 2. ～ 2013. 12. 27. 신청인에

대한 세무조사를 실시한 후, 2014. 2. 3.「조세특례제한법」(이하 ‘조특법’이라 한다) 제66조 제1항에 따라 농업외 소득에 대한 조합원 감면 중 농산물유통에 대하여 조합원으로부터 구매하여 판매한 소득에 대해서는 감면하고, 산지에서 비조합원으로부터 구매하여 판매한 소득에 대해서는 조합원 감면대상 소득에 해당되지 않는다는 이유로 감면소득을 재계산하여 신청인에게 법인세 281,758,560원을 부과하고 조합원에 대한 배당에 대하여는 비조합원으로부터 구매한 소득에 해당하는 금액에 대하여 조합원 감면을 배제하고 배당소득세 15,955,500원을 결정․고지하였다.

나. 그러나 기획재정부 예규(법인세제과-608, 2014. 8. 22.) 및 조세심판원 결정(조심2014구3546, 2014. 11. 27.)에서 비조합원으로부터 구입하여 판매하는 농산물유통소득이 조합원감면대상이 되는 농업외 소득이 된다고 해석하고 결정하였는바, 피신청인이 세무조사결과 부과․징수한 법인세중 매출누락에 따른 법인세를 제외한 276,498,743원 및 조합원 배당소득에 대하여 감면을 배제하고 고지한 배당소득세 15,955,500원은 법 해석의 오류에 의한 과세에 해당하므로 법인세 등을 환급하여 달라.

2. 피신청인의 주장

가.  조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1     항에 따른 과세기준 자문(법규과-36, 2011. 1. 12.)결과,    비조합원으로부터 구입한 농산물의 유통 및 가공판매 수    입은 면제되는 농업외 소득에 해당되지 아니한다.’라는     해석에 따라 비조합원으로부터의 매입분을 확인하고 매    입비율에 따라 비감면소득을 계산하여 비감면소득에 해    당하는 법인세 감면을 배제하고 법인세가 감면되지 않는    소득을 원천으로 조합원에게 지급한 배당소득에 대해 배    당소득세를 부과․결정한 것은 정당하다.

나.  신청인은 세무조사 후 과세전 적부심사청구, 불복청구를 할 수 있었음에도 권리행사를 하지 아니하는 등 사실상의 권리행사를 포기한 것이다.

다.  피신청인은 국세청 예규(법규과-36, 2011. 1. 12.)에 따라 조사 결정하였고, 신청인은 불복청구기간이 경과한 후 질의로 회신 받은 기획재정부 예규(법인세제과-608,  2014. 8. 22.) 등을 근거로 고충 청구한바, 내용이 상반되는 경우에는 「국세기본법 기본통칙」18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)에 따른 ‘새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다.“라는 규정에 따라 행한 피신청인의 당초 처분은 정당하다.

3. 사실 관계

가.  신청인은 2008년 ～ 2012년 사업연도에 대하여 조특법 제66조 및 같은 법 시행령 제63조에 따른 영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제를 적용하여 아래와 같이 법인세 신고를 하였다.

(단위 : 원)

사업연도	수입금액	과세표준	산출세액	감면세액
2008년	15,486,418,624	347,008,136	58,752,034	58,752,034
2009년	15,342,972,535	369,427,057	59,273,952	59,273,952
2010년	14,262,035,454	303,496,521	42,769,234	30,705,843
2011년	13,389,935,584	315,683,382	45,450,344	32,753,803
2012년	14,738,807,633	276,092,404	35,218,480	27,706,622

나.  신청인은 2008년 ～ 2012년 사업연도에 대하여 아래와 같이 조합원에게 이익잉여금에 대한 현금배당을 하였다.                                            (단위 : 원)

사업연도	현금배당
2008년	60,000,000
2009년	60,000,000
2010년	60,000,000
2011년	60,000,000
2012년	60,000,000

다. 피신청인의 신청인에 대한 2013. 12. 법인사업자 조사종      결보고서에 의하면, 매출누락은 27,870천 원이고, 비조합      원으로부터 구입한 농산물의 유통 및 가공판매수입은 면제      되는 농업외소득에 해당하지 아니하여 법인세 등을 추징한      다고 되어 있다.

라. 피신청인이 조사를 실시한 후 신청인에게 행한 법인세 및 배당소득세 고지내역은 아래와 같다.

(단위 : 원)

사업연도	법인세	배당소득세	비고
2008년	86,293,900	3,174,600	2015. 2. 5. 고충민원 신청 당시 국세 부과 제척기간 경과
2009년	81,404,690	3,197,700	2015. 3. 31. 국세부과 제척기간 경과
2010년	39,113,010	3,214,200
2011년	45,640,830	3,161,400
2012년	29,306,130	3,207,600
계	281,758,560	15,955,500

4. 판단

가. 관계 법령 등

1) 구 조특법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) 제1항은 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 ‘영농조합법인’이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 ‘농업소득’이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.”라고, 제2항은 “영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2012년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다.”라고, 제3항은 “영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2012년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대해서는 지방소득세 소득분을 부과하지 아니하며, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다.”라고 규정하고 있다.

2) 구 조특법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정되어 2013. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등) 제1항은 “법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. {1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)}”라고, 제2항은 “법 제66조제2항 전단의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 배당소득은 과세연도별로 1천200만원이하의 금액으로 한다.”라고, 제3항은 “법 제66조제2항 후단의 규정에 의한 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액중 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다. {영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 ×(배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농업소득외의 소득금액/배당소득확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액)}”라고 규정하고 있다.

3) 구 「국세기본법」(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제1항은 “세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”라고, 제2항은 “국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.”라고, 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”라고 규정하고 있다.

4) 「국세기본법 기본통칙」18-0…1(세법해석의 기준)은 “법 제18조 제3항에서 ‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후’라 함은 성문화의 여부와 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우는 제외한다.”라고 규정하고 있다.

5) 「국세기본법 기본통칙」18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)는 “새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다.”라고 규정하고 있다.

6) 국세청은 “「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 설립된 영농조합법인이 조합원이 아닌 자로부터 구입한 농산물의 유통 및 가공․판매를 함으로써 발생한 소득은 조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항의 법인세가 면제되는 농업소득 외의 소득에 해당하지 아니하는 것이다.”라고 해석(법규과-36, 2011. 1. 12.)하였다.

7) 기획재정부는 “영농조합법인이 조합원 이외의 농업인, 농업협동조합으로부터 구입한 산지농산물을 가공․유통하는 사업은 조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항의 법인세가 면제되는 농업소득 외의 소득에 해당하는 것이다.”라고 해석(법인세제과-608, 2014. 8. 22.)하였다.

8) 조세심판원은 “청구법인이 조합원이 아닌 농업인, 농협 등으로부터 구입한 농산물을 가공․유통하는 사업은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조 제5호에 해당하므로 그 소득은 조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항의 법인세가 면제되는 농업소득 외의 소득에 해당한다고 판단된다.”라고 결정(조심2014구3546, 2014. 11. 27.)하였다.

9) 기획재정부는 “납세자에게 불리한 국세청 예규에 의거 과세된 부분은 종전 국세청 예규를 번복하는 새로운 재무부 예규에 의거 환급받을 수 있다.”라고 해석(법인22601-2232, 1986. 7. 14.)하였다

나. 판단내용

1) 피신청인은 신청인이 세무조사 후 과세전 적부심사청구, 불복청구를 할 수 있었음에도 권리행사를 하지 아니하는 등 사실상의 권리행사를 포기한 것이라고 주장하나, 세무조사 당시에는 납세자에게 불리한 예규 때문에 불복을 제기하지 못한 것으로 보이고, 우리 위원회와 피신청인이 운영하고 있는 고충신청제도는 이와 같이 경정청구기간이나 정식 불복제기기간을 놓친 민원인에게 국세부과 제척기간이 경과하기 전까지 권리구제를 위해 운영하고 있는 것이므로 고충신청인의 법인세 등 환급신청이 위법․부당하다는 이유로 경정을 거부할 수 있음은 별론(別論)으로 불복청구기간이 경과하였다는 형식적인 이유로 경정을 거부하는 것은 부적절하다고 판단된다.

2) 피신청인은 「국세기본법 기본통칙」18-0…2(새로운 세법해석의 적용시점)에 따른 ‘새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용한다.“라고 주장하나, 기획재정부는 “납세자에게 불리한 국세청 예규에 의거 과세된 부분은 종전 국세청 예규를 번복하는 새로운 재무부 예규에 의거 환급받을 수 있다.”라고 해석(법인22601-2232, 1986. 7. 14.)하고 있는 점, 동일한 사안에 대하여 조세심판원도 “2014. 4. 14. 청구인에게 행한 2010년 사업연도 법인세에 대하여 조특법 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항의 법인세가 면제되는 농업소득 외의 소득에 해당하므로 법인세를 취소하라.“라는 결정(조심2014구3546 2014. 11. 27.)을 한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 국세부과 제척기간 내에 있는 이 건 부과처분은 취소함이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 법인세 등의 경정을 구하는 신청인의 주장이 상당한 이유가 있으므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제2항에 따라 피신청인에게 의견을 표명하기로 하여 주문과 같이 의결한다.