5. 법인세 이의

신청인은 00 00구 00동 000에서 운송주선업을 주업으로 1993. 3. 12. 개업한 000(이하 ‘쟁점법인1’이라 한다)의 대표이사인데, 1998. 4. 10. 쟁점법인1과 동일 소재지에 화물운송업을 주업으로 하는 000(이하 ‘쟁점법인2’라 한다)를 설립하고 2010. 6. 1. 00 00시 00구 00로 00에 비철금속 제조업 및 복합화물운송주선업을 주업으로 하는 극동글로벌(주)(이하 ‘쟁점법인3’이라 한다)을 설립하여 현재까지 대표이사로 재직하고 있다. 그런데, 쟁점법인3의 귀속 사업연도의 법인세 신고 시 중소기업특별세액 감면 신청을 하였다가 쟁점법인3이 창업중소기업감면대상 사업장으로 판단되어 법인세를 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 피신청인은 쟁점법인3이 기존 쟁점법인1, 2의 사업 확장 및 연속이므로 창업중소기업에 해당되지 않는다는 이유로 경정청구를 거부하였다. 그러나 쟁점법인3은 쟁점법인1, 2로부터 거래처 등을 포함한 인적․물적 자산 등의 승계나 인수 없이 별도로 사업을 개시한 신설법인으로 창업중소기업에 해당하므로 이 처분을 취소해 달라는 신청인의 주장은 상당한 이유가 인정된다.

결정개요

1. 민원번호 2BA-1412-297651 (의결일：2015. 06. 03.)

2. 피신청인 ○○세무서장

3. 쟁점사항

신청인의 비철금속 제조업 및 복합화물운송주선업을 주업으로 하는 극동글로벌(주)은 00구 00동 000에서 운송주선업을 주업으로 1993. 3. 12. 개업한 000과 동일 소재지에 화물운송업을 주업으로 하는 000으로부터 거래처 등을 포함한 인적 물적 자산 등의 승계나 인수 없이 별도로 사업을 개시한 신설법인 창업중소기업이므로 법인세 환급경정청구 거부처분 취소요구

4. 주    문

피신청인에게 신청인이 대표로 있는 000의 2010년부터 2012년까지 법인세 신고내역에 대하여「조세특례제한법」제6조에 따른 창업중소기업 세액 감면 규정을 적용하여 경정할 것을 시정권고 한다.

5. 신청취지 주문과 같다.

6. 참조법령

조세특례제한법제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)

국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구)

이  유

1. 신청 원인

신청인은 00 00구 00동 000에서 운송주선업을 주업으로 1993. 3. 12. 개업한 000(이하 ‘쟁점법인1’이라 한다)의 대표이사인데, 1998. 4. 10. 쟁점법인1과 동일 소재지에 화물운송업을 주업으로 하는 000(이하 ‘쟁점법인2’라 한다)를 설립하고 2010. 6. 1. 00 00시 00구 00로 00에 비철금속 제조업 및 복합화물운송주선업을 주업으로 하는 극동글로벌(주)(이하 ‘쟁점법인3’이라 한다)을 설립하여 현재까지 대표이사로 재직하고 있다. 그런데, 쟁점법인3의 2010년 ～ 2012년 귀속 사업연도의 법인세 신고 시 중소기업특별세액 감면 신청을 하였다가 2014. 3.경 쟁점법인3이 창업중소기업감면대상 사업장으로 판단되어 법인세 39,507,619원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 피신청인은 쟁점법인3이 기존 쟁점법인1, 2의 사업 확장 및 연속이므로 창업중소기업에 해당되지 않는다는 이유로 경정청구를 거부(이하 ‘이 처분’이라 한다)하였다. 그러나 쟁점법인3은 쟁점법인1, 2로부터 거래처 등을 포함한 인적․물적 자산 등의 승계나 인수 없이 별도로 사업을 개시한 신설법인으로 창업중소기업에 해당하므로 이 처분을 취소해 달라.

2. 피신청인의 주장

신청인의 창업감면법인 고충내용을 검토한바, 직원일부가 쟁점법인1, 2에서 근무하다 고용승계된 것으로 근로소득지급명세서상 확인되며, 매출거래처 12개업체 등이 쟁점법인1, 2에서 계속거래한 것으로 부가가치세 신고서상 확인된다. 창업중소기업 세액감면제도는 창업 초기에 세제지원을 통하여 창업을 장려하고 투자와 고용창출을 유도하기 위한 제도인데, 쟁점법인3은 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가한 것이지 새로운 사업을 최초로 개시한 것으로 보기 곤란하여 창업중소기업감면요건에 해당하지 않으므로 이 처분은 정당하다.

3. 사실 관계

가. 피신청인이 제출한 자료에 따르면, 쟁점법인1, 2, 3의 기본현황은【표 1】과 같다.

【표 1】

상호	사업장소재지	주업종	개업일	대표자	직원수
쟁점법인1	00 00 00동 00	서비스/운송주선	1993. 3. 12.	신청인	3～6명
쟁점법인2	00 00 00동 00	운보/화물운송	1998. 4. 10.	신청인	10～13명
쟁점법인3	00 00시 00구 00로 00	제조/비철금속 제조/화물포장업 서비스/노무도급 및 근로자 파견	2010. 6. 1.	신청인	7～15명

나. 신청인이 제출한 쟁점법인1의 복합운송주선업 면허증, 대차대조표, 유형자산감가상각비명세서에 따르면, 쟁점법인1은 화물운송 주선업이 주업인 것으로 나타나고 쟁점법인2는 화물차를 18대를 보유한 화물운송업이 주업인 업체로 나타난다.

다. 신청인이 제출한 000, 000, 000, 000, 000(이하 ‘쟁점거래처’라 한다)의 확인서에 따르면, 쟁점거래처는 포장 및 도비 등에 관련된 작업은 쟁점법인3과 거래하였고, 보세운송 및 내륙운송과 관련된 작업은 쟁점법인2와 거래하였다.

라. 신청인이 제출한 쟁점거래처와의 송장 및 거래명세표 등에 따르면, 쟁점법인1이 쟁점거래처에게 운송주선용역을 제공한 반면 쟁점법인3은 포장용역을 제공한 것으로 나타난다.

마. 신청인이 제출한 쟁점법인3과 000(이하 ‘000’라 한다) 사이에 체결한 제품운송 서비스 제공 계약서에 따르면, 쟁점법인3은 000과 2014. 1. 8.부터 3년간 토탈 물류 운송 용역을 제공하는 ‘제3자 물류용역’ 계약을 체결한 것으로 확인된다.

바. 신청인이 제출한 쟁점법인3의 공장건물 부지 및 건물 관련 공부에 따르면, 쟁점법인3은 2010. 7. 30. 00 00시 00구 00로10번안길 12 토지 및 공장건물을 구입한 것으로 확인된다.

사. 신청인이 제출한 000의 근로소득자별근로소득원천징수부에 따르면, 쟁점법인3에 2011. 2.경 입사한 후 적응을 못하고 1개월만에 퇴사하였다가 쟁점법인2에 2011. 3.경 입사한 것으로 나타난다.

아. 신청인이 제출한 000의 근로소득자별근로소득원천징수부 및 사업장고용정보현황에 따르면, 쟁점법인2에 2001. 8. 1. 입사한 후 2011. 9. 퇴사하였다가 2011. 10.경 쟁점법인3에 재사한 것으로 나타난다.

자. 신청인이 제출한 000의 근로소득자별근로소득원천징수부 및 사업장고용정보현황에 따르면, 쟁점법인2에 2006. 6. 14. 입사한 후 2011. 9. 퇴사하였고 2011. 10.경 쟁점법인3에 입사한 것으로 나타난다.

차. 신청인이 제출한 000의 사실확인서에 따르면, “000은 쟁점법인2에서 차량배차 및 관리를 하는 사무실 내근직으로 근무를 하였으나 본인의 성향이나 희망직종과 상이하여 다른 회사로 이직을 위해 2011. 9.에 쟁점법인2에서 사직을 하고 다른 회사를 찾고 있던 중 쟁점법인3에서 본인이 원하던 영업직 제의를 받아 2011. 10. 입사하여 근무를 하게 되었음을 확인합니다.”라고 기재되어 있다.

카. 신청인이 제출한 국세청 질의회신문(법인세과-85, 2010. 1. 28.)에 따르면, 국세청은 업종 및 대주주가 같고 사업장이 다른 경우 창업중소기업 해당여부에 대한 질의에 대하여「조세특례제한법」에 규정된 창업중소기업에 해당된다고 회신하였다.

4. 판단

가. 관계 법령 등

「조세특례제한법」(2010. 3. 12. 법률 제10068호로 개정된 것) 제6조 제1항은 “2012년 12월 31일 이전에 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”라고, 제3항은 “창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.  18. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)”이라고, 제6항은 “제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.  1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하거나 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 그 자산가액의 합계가 사업 개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령으로 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령으로 정하는 비율 이하인 경우는 제외한다.  2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우  3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우  4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우”라고 규정하고 있고,「국세기본법」제45조의2 제1항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있다.

나. 판단 내용

살피건대, 쟁점법인1은 운송주선업을 주업으로 하고 쟁점법인2는 직접 화물운송업을 주업으로 하며 쟁점법인3은 비철금속 제조업 및 포장업을 주업으로 하고 있는 것으로 확인되는 점, 쟁점거래처도 포장 및 도비 등에 관련된 작업은 쟁점법인3과 거래하였고 보세운송 및 내륙운송과 관련된 작업은 쟁점법인2와 거래하였음을 확인하고 있는 점, 쟁점법인3은 2010. 7. 30. 쟁점법인1, 2의 사업장과 별도로 00 00시 00구 00로10번안길 12에 토지 및 공장건물을 구입하여 현재까지 사업장으로 사용하고 있는 것으로 확인되는데, 쟁점법인3은 포장업을 주업으로 하여 포장작업이 가능한 공장 등 별도공간이 필요한 사업인 반면 쟁점법인1은 운송주선업이라 사무실만 있으면 되고 쟁점법인2는 직접 운송을 주업으로 하는 것이어서 쟁점법인3이 쟁점법인1, 2와 명확히 구분되는 점, 쟁점법인3은 000에 토탈 물류 용역을 제공하고 있는 것으로 확인되는 점, 국세청도 업종 및 대주주가 같아도 사업장이 다른 경우「조세특례제한법」에 규정된 창업중소기업에 해당된다고 회신하고 있는 점, 000은 쟁점법인3에 2011. 2.경 입사한 후 적응을 못하고 1개월만에 퇴사하였고 쟁점법인2에 2011. 3.경 입사하였다가 2011. 8.경 퇴사한 것으로 확인되어 쟁점법인3의 창업과는 무관한 점, 000은 쟁점법인2에 2001. 8. 1. 입사한 후 2011. 9. 퇴사하였고 2011. 10.경 쟁점법인3에 입사한 것으로 나타나는데, 000은 쟁점법인2에서 차량배차 및 관리를 하는 사무실 내근직으로 근무를 하였으나 본인의 성향이나 희망직종과 상이하여 다른 회사로 이직을 위해 2011. 9.에 쟁점법인2에서 사직을 하고 다른 회사를 찾던 중 쟁점법인3에서 본인이 원하던 영업직 제의를 받아 2011. 10. 입사하여 근무를 하게 되었음을 확인하고 있는 점 등을 종합하면, 쟁점법인3이 창업중소기업 감면 대상에 해당되는 것으로 판단되므로 신청인의 주장을 받아들여 이 처분을 취소하고 경정청구를 받아들이는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 쟁점법인3은 창업중소기업 세액감면 적용 대상이므로 법인세를 경정해 달라는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.