6. 양도소득세 이의-2

신청인은 2002년경 충남 ○○시 ○○면 ○○리 2외 7필지를 취득하여 공장용지로 형질변경 후 대지 조성 및 공장을 신축하던 중 과다한 금융채무로 인해 쟁점토지를 2007. 8. 28. 경매로 양도한 후 양도소득세를 신고․납부하지 않았다. 피신청인은 2010. 6. 신청인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지의 양도소득세 1,283,132,850원을 경정․고지하였다. 그러나 쟁점토지는 실질적으로 신청인의 아버지인 맹○○(이하 ‘맹○○’라 한다)가 대지를 조성하고 공장신축을 진행하였으며, 쟁점토지를 공장용지로 형질변경하고 대지를 조성하여 공장을 신축하는 과정에서 투입된 비용(이하 ‘자본적지출액’이라 한다)이 상당함에도 이를 인정하지 않는 것은 부당하니 자본적지출액을 필요경비로 인정하여 이 처분을 경정해 달라.

결정개요

1. 민원번호 2BA-1406-195445

2BA-1407-131631 (의결일：2014. 10. 30)

2. 피신청인 ○○세무서장

3. 쟁점사항

신청인은 2002년경 충남 ○○시 ○○면 ○○리 2외 7필지를 취득하여 공장용지로 형질변경 후 대지 조성 및 공장을 신축하던 중 과다한 금융채무로 인해 쟁점토지를 2007. 8. 28. 경매로 양도한 후 양도소득세를 신고․납부하지 않아, 피신청인은 양도소득세 1,283,132,850원을 경정․고지하였다. 그러나 쟁점토지는 실질적으로 신청인의 아버지인 맹○○가 대지를 조성하고 공장신축을 진행하였으며, 쟁점토지를 공장용지로 형질변경하고 대지를 조성하여 공장을 신축하는 과정에서 투입된 비용이 상당함에도 이를 인정하지 않는 것은 부당하니 자본적지출액을 필요경비로 인정하여 처분에 대한 경정 청구

4. 주    문

피신청인에게 2010. 8. 31. 납기로 행한 양도소득세 1,283,132,850원의 부과처분을 충남 ○○시 ○○면 ○○리 2외 7필지 158,721㎡에 대한 자본적지출액 등에 대하여 공제대상 필요경비 여부를 조사한 후 그 결과에 따라 경정여부를 결정할 것을 시정권고한다.

5. 신청취지 주문과 같다.

6. 참조법령

국세 기본법 제16조 (근거과세)

이  유

1. 신청 원인

신청인은 2002년경 충남 ○○시 ○○면 ○○리 2외 7필지 158,721㎡(이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 취득하여 공장용지로 형질변경 후 대지 조성 및 공장을 신축하던 중 과다한 금융채무로 인해 쟁점토지를 2007. 8. 28. 경매로 양도한 후 양도소득세를 신고․납부하지 않았다. 피신청인은 2010. 6. 신청인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 쟁점토지의 양도가액은 3,407,076,795원으로, 취득가액은 840,000,000원으로 결정하여 2010. 8. 31. 납기로 양도소득세 1,283,132,850원을 경정․고지(이하 ‘이 처분’이라 한다)하였다. 그러나 쟁점토지는 실질적으로 신청인의 아버지인 맹○○(이하 ‘맹○○’라 한다)가 대지를 조성하고 공장신축을 진행하였으며, 쟁점토지를 공장용지로 형질변경하고 대지를 조성하여 공장을 신축하는 과정에서 투입된 비용(이하 ‘자본적지출액’이라 한다)이 상당함에도 이를 인정하지 않는 것은 부당하니 자본적지출액을 필요경비로 인정하여 이 처분을 경정해 달라.

2. 피신청인의 주장

쟁점토지와 관련된 공사현장 사진 등으로 쟁점토지에 일부 공사가 진행된 것은 확인되나 쟁점토지를 공장용지로 조성하기 위해 투입된 자본적지출액에 대한 구체적인 지급증빙 등을 제시하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 사실 관계

가. 피신청인이 제출한 신청인 및 맹○○의 이 건 고충민원과 관련된 사업내역은【표 1】과 같다.

【표 1】

구분	상호	사업장	개업일	폐업일	종목
신청인	○○주식회사	○○ ○○ ○○ X-X	2004. 5. 1.	2006. 12. 21.	제조/자전거
맹○○	주식회사 ○○	대전 ○구 ○○동 XXX-XX	2002. 9. 13.	2006. 6. 30.	제조/교통안전시설
	○○개발	대전 ○구 ○○동 XXX-X	2002. 8. 15.	2005. 6. 30.	건설/토목

※ ○○주식회사는 이하 ‘쟁점법인1’이라 한다.

※ 주식회사○○기업은 이하 ‘쟁점법인2’라 한다.

나. 피신청인이 제출한 양도소득세 조사(종결)복명서(이하 사복명서’라 한다)에 따르면, 자본적지출액 등 확인란에 다음과 같이 기재되어 있다.

1) 쟁점토지의 지목이 취득 당시는 대부분 임야, 하천, 전 등이었으나 양도 당시의 지목은 공장용지로 상당한 자본적지출액(토지조성비용 등) 발생한 것으로 판단되어 맹○○에게 확인 결과,

2) 토목공사 등 토지조성비용으로 많은 비용이 발생되었으며 지출한 증빙은 부도로 인하여 완전하지는 않지만 일부가 보관되어 있다고 진술하나 조사일 현재까지 전혀 제시하지 못함.

3) 쟁점토지 중 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산XXX-X(138,060㎡)의 조성공사

- 쟁점법인2가 2003년에 ○○시청에 제출한 창업사업계획서 확인 결과 쟁점법인2는 2004년까지 공장용지로 토지를 조성하던 중 자금압박으로 조성공사를 완료하지 못하고 중단된 상태에서 2007년 경락된 것으로 확인됨.

4) 쟁점토지 중 위 3)외 나머지 필지에 대한 조성공사

- 쟁점법인1이 2003년에 ○○시청에 제출한 창업사업계획서 확인 결과, 신청인은 쟁점토지를 매수하기 이전 전 소유자 라정연으로부터 토지의 사용승락을 받은 후 공장용지로 토지를 조성하여 공장용지로 용도변경한 것으로 확인됨.

5) 쟁점법인1의 대표자는 신청인이며 쟁점법인2의 대표자는 맹○○로 등재되어 있으나 토지조성 공사비용으로 맹○○ 개인이 지출한 금액은 확인되지 않음

다. 신청인이 제출한 (근)저당권 설정계약서, 여신거래약정서 및 대전지방법원 ○○지원 배당표 등에 따르면, 쟁점법인1이 주식회사○○저축은행으로부터 쟁점토지를 담보로 26억여 원의 대출을 받고 원리금 상환을 하지 못하자 주식회사○○저축은행이 경매를 신청하여 2007. 8. 28. 경락대금 35억 원 중 3,480,310,061원을 배당받은 사실이 확인된다.

라. 신청인이 제출한 건축물의 설계계약서에는, 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

- 설계계약 건명 : 쟁점법인1 공장 신축공사

- 대지 위치 : 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 XXX-X외 9필지

- 계약금액 : 19,000,000원

- 건축주 : 쟁점법인1

- 건축사 : ○○건축사사무소

- 계약일 : 2004. 2. 23.

마. 신청인이 제출한 건설공사 표준하도급계약서에는, 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

- 발주자 : 쟁점법인1

- 하도급공사명 : 쟁점법인1 공장 신축공사 중 전기시설 설치공사

- 공사장소 : 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 XXX-X

- 공사기간 : 2004. 1. 10. ~ 2004. 6. 31.

- 수급사업자 : ○○전기 합자회사(대표이사 오○○)

- 계약일 : 2004. 1. 7.

바. 신청인이 제출한 공사도급계약서에는, 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

- 공사명 : 쟁점법인1 관정개발공사

- 공사현장 : 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 XXX-X

- 도급금액 : 25,000,000원

- 공사기간 : 2004. 9. 21. ~ 2005. 9. 20.

- 공사시공자 : ○○개발(대표 윤○○)

- 계약일 : 2004. 9. 21.

사. 신청인이 제출한 공사도급계약서에는, 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

- 공사명 : 쟁점법인1 공장부지조성공사

- 공사현장 : 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 XXX-X외 9필지상

- 도급금액 : 270,000,000원

- 공사기간 : 2003. 10. 15. ~ 2004. 3. 20.

- 발주자 : ○○개발(대표 맹○○)

- 공사시공자 : ○○건설(대표 반○○)

- 계약일 : 2003. 10. 11.

아. 신청인이 제출한 복구비예치통지서에 따르면, 쟁점법인2 대표 맹○○가 쟁점토지 중 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 125-1 임야 85,170㎡에 대한 산지전용허가를 받으면서 복구비 756,608,000원을 예치한 것을 ○○시장이 확인하고 있다.

자. 신청인이 제출한 대전지방법원 제12민사부 결정문(2005카합912 산림훼손금지가처분, 2005. 11. 2. 결정, 이하 ‘민사결정문’이라 한다)에 따르면, 맹○○가 차입금을 변제하지 못하자 사채업자 이○○가 차입금 등 회수를 목적으로 쟁점토지 중 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 125-1 임야 85,170㎡에 관하여 산림훼손금지 가처분신청을 한데 대하여 기각 결정을 하였는데, 이유 부분에 “이 사건 토지에 대하여는 이미 벌목 공사까지 완료되어 상당 부분 공정이 진행된 점 등에 비추어 볼 때…”라고 기재되어 있다.

차. 신청인이 제출한 송○○, 진○○, 강○○ 및 김○○의 확인서에 따르면, 쟁점법인1 공장건물 신축과 관련 구내식당운영예정자 및 함바식당과 청소용역제공자들로 쟁점법인1 공장건물 신축의 전과정을 맹○○가 진행하였던 것으로 진술하고 있다.

카. 신청인이 제출한 개발행위준공검사필증에 따르면, 쟁점법인1 대표인 신청인은 2004. 5. 24. 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 XXX-X 등 10필지에 대하여 개발행위(토지형질변경) 준공검사필증을 교부받았다.

타. 신청인이 쟁점토지의 경매사건 재판부(2006타경4184호)에 제출한 유치권신고서에 따르면, 맹○○가 쟁점법인1을 상대로 충남 ○○시 ○○면 ○○리 산 XXX-X외 10필지 부지조성공사 대금 중 미수금 1,300,000,000원을 근거로 유치권 신청을 하였다.

파. 신청인이 제출한 사진자료에는, 쟁점토지의 토목공사 전․후 현황과 공장건물에 쟁점법인1,2 간판표식이 나타나고 공장건물 내부 사진에 무체인 자전거 제조 공정이 나타난다.

하. 신청인은 쟁점토지에 대한 자본적지출액의 증빙으로 각종영수증, 세금계산서철, 무통장입금증, 덤프사용료대장, 노임관련자료, 청구서 및 작업일지 등을 제출하였다.

거. 신청인이 제출한 맹○○ 명의의 농협통장(계좌번호 XXX-XX-XXXXXX) 거래내역을 통해 2004. 9. 24. 맹○○가 260,000,000원을 입금하여 바로 대체 출금한 사실이 확인되는데, 신청인은 자본적지출액과 관련 추석자금집행을 위해 법인통장에 입금 후 수표로 출금하여 하도급업체 등에 공사비 등으로 사용하였다고 진술하고 있다.

4. 판단

가.「국세기본법」제16조 제1항은 “납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.”라고, 제2항은 “제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.”라고, 제3항은 “정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.”라고 규정하고 있다.

나. 쟁점토지의 자본적지출액을 필요경비로 인정하지 않은 것은 부당하니 필요경비로 인정해 달라는 신청에 대해 살펴보면, 피신청인 스스로 조사복명서에 쟁점토지는 취득 당시 대부분 임야, 하천, 전 등이었으나 양도 당시의 지목은 공장용지로 상당한 자본적지출액(토지조성비용 등)이 발생한 것으로 판단하고 있는 점, 양도소득세 조사 당시 사업실패 등으로 조사에 제대로 대응할 수 없는 상황이어서 자본적지출과 관련된 각종 증빙들을 제시하지 못하였다는 신청인의 진술에 어느 정도 수긍이 가는 점, 2004년에 쟁점법인1이 주식회사○○저축은행으로부터 쟁점토지를 담보로 대출을 받고 원리금 상환을 하지 못하자 2007. 8. 28. 쟁점토지의 경락대금 35억 원 중 주식회사○○저축은행이 3,480,310,061원을 배당받은 사실이 확인되는 점, 신청인은 쟁점토지 양도에 대한 피신청인의 양도소득세 조사 시 제출하지 못한 자본적지출액과 관련한 각종 계약서, 복구비예치통지서, 민사결정문, 개발행위준공검사필증, 각종영수증, 세금계산서철, 무통장입금증, 덤프사용료대장, 노임관련자료, 청구서 및 작업일지 등을 제출하고 있는 점, 주식회사○○저축은행 대출금 통장계좌의 출금내역과 2004. 9. 24. 신청인 명의의 농협통장에서 260,000,000원이 입금된 후 바로 수표 등으로 대체 출금되는데 이것이 2004년도 추석 자금집행 재원이었다는 신청인의 진술도 수긍이 가는 등 쟁점법인1의 대출통장과 신청인 명의 통장의 입․출금 내역 등에 대한 조사가 필요한 것으로 판단되는 점, 쟁점토지에 대한 토목공사 전․후 사진과 공장건물에 쟁점법인1,2 간판표식이 나타나고 공장건물 내부 사진에 무체인 자전거 제조 공정이 나타나는 점 등을 종합하면 쟁점토지에 대한 자본적지출액의 증빙으로 신청인이 제시하고 있는 증빙자료들에 대하여 금융조사 등을 포함한 조사를 실시한 후 그 결과에 따라 이 처분의 경정 여부를 결정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 토지조성공사비 등을 필요경비로 인정해 달라는 신청인의 주장이 상당한 이유가 있으므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.