4. 법인세 과세 제외

신청인은 ○○종중으로 경기 ○○시 ○○면 ○○ 임야(합계 20,798㎡, 이하 ‘쟁점토지)를 종중의 선산으로 사용하다가 2009. 9. 15. 한국토지주택공사에 수용된 후 쟁점토지의 소유권 이전에 따른 양도소득세를 신고․납부하였다. 그러나 쟁점토지는 고유목적사업에 직접 사용하다가 양도한 것이므로「법인세법」상 과세대상에서 제외된다는 사실을 인지한 후 관련 법인세를 환급해 달라고 한다. 이에 피신청인은 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용된 고정자산에 해당하는지가 명확하지 않다는 등의 이유로 신청인의 고충을 거부한 것은 부당하다

결정개요

1. 민원번호 2BA-1402-121892 (의결일：2014. 06. 24.)

2. 피신청인 ○○세무서장

3. 쟁점사항

신청인은 ○○종중으로 경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX-X 임야 7,813,㎡, 같은 리 XXX-XX 묘 232㎡, 같은 리 산 XX 임야 9,223㎡, 같은 리 산 XX-X 임야 793㎡, 같은 리 XXX-XX 임야 2,737㎡(합계 20,798㎡, 이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 취득하여 종중의 선산으로 사용하다가 한국토지주택공사로 수용된 후 신고 납부한 양도소득세가 과세대상에서 제외된다는 것을 인지한 후 관련법인세를 환급하여 달라는 요구

4. 주    문

피신청인에게 신청인이 2009. 9. 15. 양도한 경기 ○○시 ○○면 ○○ 518-9 임야 7,813,㎡, 같은 리 XXX-XX 묘 232㎡, 같은 리 산 XX 임야 9,223㎡, 같은 리 산 XX-X 임야 793㎡, 같은 리 XXX-XX 임야 2,737㎡는 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하다가 처분된 토지에 해당하므로 2009년 법인세 과세 소득에서 제외할 것을 시정권고한다.

5. 신청취지 주문과 같다.

6. 참조법령

법인세법 제3조 (과세소득의 범위)

이  유

1. 신청 원인

신청인은 ○○종중으로 경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX-X 임야 7,813,㎡, 같은 리 XXX-XX 묘 232㎡, 같은 리 산 XX임야 9,223㎡, 같은 리 산 XX-X 임야 793㎡, 같은 리 XXX-XX 임야 2,737㎡(합계 20,798㎡, 이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 취득하여 선조들의 묘를 모시는 종중의 선산으로 사용하다가 쟁점토지가 2009. 9. 15. 한국토지주택공사에 수용된 후 쟁점토지의 소유권 이전에 따른 양도소득세를 신고․납부하였다. 그러나 쟁점토지는 고유목적사업에 직접 사용하다가 양도한 것이므로「법인세법」상 과세대상에서 제외된다는 사실을 인지한 후 관련 법인세 535,750,410원을 환급해 달라는 내용의 고충청구를 2014. 1. 14. 피신청인에게 접수하였으나 피신청인이 고액고충민원에 해당한다는 이유만으로 수용이 불가능하다는 구두 의견을 제시하자 2014. 1. 23. 고충청구를 취하하고 우리 위원회에 고충민원을 제출하였다.

경기 ○○시 ○○면 ○○ 산 XX-X 임야 1,927㎡는 고충이유서에 포함되어 있었으나 확인결과 고충민원신청 대상이 아닌 것으로 제외함

사업소득이 없는 비영리법인의 경우 자산양도소득에 대하여 「법인세법」 제60조의 규정에 의한 각 사업연도 소득에 대한 법인세로 신고․납부하는 방법과 「법인세법」 제62조의2 과세특례규정을 적용하여 「소득세법」의 규정에 의한 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하는 방법을 선택하여 적용받을 수 있음(법인세 집행기준 62의2-99의2-1)

2. 피신청인의 주장

청인이 제출한 ‘분묘이장비 신청서 등’만으로는 쟁점토지의 고유목적사업 여부를 확인할 수 없고, 2013. 12. 국세청 시달 고액 고충민원처리 관리방안에 의해 명백하고 구체적인 증빙자료를 제시한 경우로서 명확한 경우 외에는 청구세액이 3천만 원 이상 고액 고충민원은 고충민원 처리대상에서 제외하도록 되어 있고 신청인이 경제적 능력이 부족하여 올바른 검토와 적절한 대처가 어려운 상태에 있었다고 볼 수도 없어 고충청구 처리대상에서 제외되어야 한다.

3. 사실 관계

가. 신청인이 제출한 쟁점토지의 등기사항전부증명서 및 한국토지공사 ○○사업본부장의 수용확인원에 의하면, ○○○○(2) 택지개발예정지구 변경 및 개발계획 승인고시(국토해양부고시 제2008-308호)일인 2008. 7. 9. 이후 2008. 10. 16. 경기 ○○시 ○○면 ○○ 518-10 묘지 232㎡는 같은 리 XXX-X에서 분필 이기되었고, 2008. 10. 15. 같은 리 XXX-X 임야 8,813㎡와 XXX-XX 임야 2,737㎡는 같은 리 XXX-X과 XXX-X에서 분필 이기되었으며, 쟁점토지는 2009. 9. 15. 한국토지공사에 공공용지의 협의 취득을 원인으로 소유권 이전된 것으로 나타난다.

나. ○○세무서장이 2009. 9. 11. 교부한 신청인의 고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등)에 의하면, 대표는 ‘임○○’로, 소재지는 ‘경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX’로, 유의사항 (1)은 ‘이 고유번호증의 부여로 인해 「민법」 기타 특별법에 의한 법인격이 부여되는 것이 아닙니다.’로 기재되어 있다.

다. 신청인이 제출한 신청인의 종중규약에 의하면, 제2조(목적)는 “본 종회는 선조를 숭배하고 친족간에 종의를 돈독히 하는 명예와 책무를 지는 것을 목적으로 한다“라고, 제14조(업무) 제1호는 ”종인보관 및 묘소 수호에 관한 사항“이라고, 부칙 제29조(시행일) 제4호는 ”본 규약은 2002년 1월 20일 개정 시행한다.“라고 기재되어 있다.

라. 신청인이 제출한 석물매매계약서에 의하면, 신청인이 경기 ○○시 권선구 고색동 XX번지 소재 ○○석재사로부터 석재가공 및 납골용역비, 운반상․하차 장비(크레인), 기초 및 터닦기, 석등, 망부석, 비석, 상석 등을 42,700,000원에 구입하는 계약을 체결한 사실이 나타난다.

마. 경기 ○○시장이 2004. 9. 6. 신청인에게 발송한 사설(종중)납골묘 설치신고필증 교부 공문에 의하면, 쟁점토지 중 경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX-XX이 분필되기 전인 같은 리 XXX-X에 사설(종중)납골묘 39기의 종중묘지설치를 허가한 사실이 나타난다.

바. 신청인이 제출한 경기 ○○시 ○○면장의 개장신고증명서(제XXXXXXXXXXXXXXX호 외 11건) 및 한국토지주택공사 분묘이장비 보상계약체결서(문서번호 ○○보상부-XXXX호 외 12건)에 의하면, 쟁점토지 중 경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX-X, 같은 리 산 XX, 같은 리 산 XX-X 및 같은 리 XXX-XX이 분필되기 전의 같은 리 XXX-X에 설치된 분묘에 대하여 한국토지주택공사가 분묘이장비를 지급한 사실이 나타난다.

사. 신청인이 제출한 쟁점토지 중 경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX-XX이 분필되기 전 토지인 같은 리 XXX-X의 현장사진 등에 의하면 신청인의 선조 분묘가 있는 것이 확인된다.

아. 피신청인이 제출한 납세자별 민원처리현황 조회 자료에 의하면, 신청인은 2014. 1. 14. 피신청인에게 고충청구를 접수하였다가 2014. 1. 23. 취하서를 접수한 사실이 나타난다.

자. 신청인이 제출한 ○○종중의 국세환급금 통지서에 의하면, 피신청인은 신청인과 동일한 내용의 고충민원에 대하여 우리 위원회에서 결정한 시정권고를 수용하여 2014. 5. 9. 직권시정하여 환급금을 통보한 사실이 확인된다.

4. 판단

가. 「국세기본법」(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제13조(법인으로 보는 단체) 제2항은 “제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. 1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것 3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것”으로 규정하고 있고,「법인세법」(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조(과세소득의 범위) 제1항은 “법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. 1. 각 사업연도의 소득”이라고, 제2항은 “비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입”이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(2009. 8. 23. 대통령령 제21698호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조(수익사업의 범위) 제2항은 “법 제3조제2항제5호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.”라고 규정하고 있다.

나. 살피건대, ○○○○(2) 택지개발예정지구 변경 및 개발계획 승인고시(국토해양부고시 제2008-308호)일인 2008. 7. 9. 이후인 2008. 10. 16. 쟁점토지 중 경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX-XX 묘지 232㎡는 같은 리 XXX-X에서 분필 이기되었고, 2008. 10. 15. 같은 리 XXX-X 임야 8,813㎡와 XXX-XX 임야 2,737㎡는 같은 리 XXX-X과 XXX-X에서 분필 이기되었으며, 쟁점토지는 2009. 9. 15. 한국토지공사에 공공용지의 협의 취득을 원인으로 소유권 이전된 것으로 확인되는 점, 경기도 ○○시장이 2004. 9. 6. 신청인에게 발송한 사설(종중)납골묘 설치신고필증 교부 공문에 경기 ○○시 ○○면 ○○ XXX-X에 사설(종중)납골묘 39기의 종중묘지설치를 허가한 사실이 확인되고, 신청인의 종중규약에 따르면 종회의 목적과 업무가 선조숭배, 친족간 화합 및 종인보관과 묘소 수호라고 되어 있으며, 신청인은 2004. 1. 13. 경기 ○○시 ○○구 ○○동 23번지 소재 ○○석재사로부터 석재가공 및 납골용역비, 운반상․하차 장비(크레인), 기초 및 터닦기, 석등, 망부석, 비석, 상석 등을 42,700,000원에 구입하는 계약을 체결한 사실이 확인되고, 경기 ○○시 ○○면장의 개장신고증명서(제XXXXXXXXXXXXXXX호외 11건) 및 한국토지주택공사 분묘이장비 보상계약체결서(문서번호 ○○보상부-3949호외 12건)등에 의하면 한국토지주택공사가 분묘이장비를 지급한 사실이 확인되고, 쟁점토지내 신청인의 선조 분묘가 있었던 사실이 확인되는 점, 신청인과 동일한 내용의 ○○종중의 고충민원에 대하여 우리 위원회에서 결정한 시정권고를 피신청인이 수용하여 2014. 5. 9. 직권시정하고 환급금을 통보한 사실이 있는 점,  피신청인이 제출한 국세청의 고액 고충민원처리 관리(개선)방안(2013. 12., 이하 ‘국세청지침’이라 한다)에 의하면, 청구세액 3천만 원 고액 고충민원(법인, 개인 전체)은 원칙적으로 처리 대상에서 제외하는 것으로 확인되고, 2014. 1. 14. 피신청인에게 고충청구를 접수하였다가 피신청인에게 국세청지침을 설명받고 2014. 1. 23. 취하서를 접수하였다는 진술에 수긍이 가는 점 등을 종합하여 고려해 볼 때, 쟁점토지상 분묘가 존재하였으며 비영리법인인 신청인이 쟁점토지를 신청인의 종중규약에 규정된  종인보관 및 묘소수호외의 업무에 사용하였다고 인정할 만한 자료가 없어 고유목적사업에 3년 이상 사용하다가 처분한 고정자산으로 인정할 수 있을 것으로 보인다. 따라서 피신청인이 쟁점 토지가 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인인 신청인의 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용된 고정자산에 해당하는지가 명확하지 않다는 등의 이유로 신청인의 고충을 거부한 것은 부당하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 법인세 과세 제외를 구하는 신청인의 주장이 상당한 이유가 있으므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.